肛瘘的治疗原则需根据肛裂发生的机理，以及肛瘘的解剖结构制订。
①清除内口：手术时要找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，这是肛瘘治疗的关键。
②处理好瘘管及支管、死腔：要把瘘管的管道、支管、死腔等清除干净，以免术后复发。
③保留肛管直肠环：肛瘘手术时，应明确诊断，查明内口及瘘管走向，保留肛管直肠环，以维持正常的肛门括约功能。
总之，在具体手术操作中，一定要仔细寻找到内口，并防止切断肛管直肠环。
肛瘘不能自愈，必须手术治疗。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。
肛瘘的保守疗法，一般用于择期手术患者，目的是为了减轻症状和减少发作。
①调理排便：保持大便通畅，防止腹泻或便秘，以减少粪便对肛瘘内口的刺激。
②清洁肛门：每日用温盐水或高锰酸钾1：10000的溶液坐浴1～2次。且要勤换内裤。
③适当用药：可适当使用黄连素、庆大霉素等抗生素口服，以控制炎症。也可适当使用药膏等局部涂抹或中药内服外用。