由于单纯疱疹病毒性脑炎病情凶险，进展迅速，而同时有效的抗病毒药物以应用于临床，所以早期准确的诊断非常重要。
1.临床诊断依据：
（1） 发热、明显的精神行为异常、抽搐、意识障碍及早期出现的局灶性神经系统定位体征；
（2） 口唇或生殖器疱疹史，或本次发病有皮肤、粘膜疱疹；
（3） 脑电图以颞、额区损害为主的脑弥漫性异常；
（4） 头颅CT或MRI发现颞叶局灶性出血性脑软化灶；
（5）脑脊液红、白细胞数增多（WBC≥5×106/L），糖和氯化物正常；
（6） 特异性抗病毒药物治疗有效可间接支持诊断。
2.确诊尚需如下检查:
（1） 脑组织或脑脊液标本HSV分离、培养和鉴定
（2） PCR检查脑脊液中其他病毒，以除外其他病毒所致的脑炎
（3） 脑脊液中发现HSV抗原或抗体；
（4）脑脊液的PCR检测发现该病毒DNA；
（5） 脑组织活检或病理发现组织细胞核内包涵体，或原位杂交发现HSV病毒核酸；