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判定治愈的标准既不能完全根据症状，也不能不考虑患者的自觉症状。没有症状如化验检查证明仍有衣原体或支原体，也说明病情未得到控制。当出现以下三种情况时，表明非淋菌性尿道炎已经治愈。
1、尿液澄清，沉渣镜检阴性。
2、荧光免疫法尿道(宫颈)标本衣原体、支原体检查阴性(有条件时)。
3、临床症状消失1周以上，尿道无分泌物，或分泌物中白红胞≤4个/100倍显微镜。
